DbUnitのIDataSetはこれで比較できました。
ExtendedAssertion.assertEquals(expected, actual);
でも、たとえばタイムスタンプの列とかは比較できない、という場合もあると思います。そのときは、
IDataSet dataSet;
for (ITableIterator i = dataSet.iterator(); i.next();) {
ITable table = i.getTable();
table = DefaultColumnFilter.excludedColumnsTable(table, new String[] { "除外したい列名" });
}って感じにします。これで特定の列をITableから除外することができます。逆にこの列だけ比較したい!って場合はexcludedColumnsTable()の変わりにincludedColumnsTable()を使用します。