$ sudo vi /etc/sysconfig/tomcat6 or $ sudo vi /etc/tomcat6/tomcat6.conf
で
CATALINA_OPTS="-Xms512m -Xmx1024m -XX:PermSize=128m -XX:MaxPermSize=256m"
を設定する。
どちらの設定ファイルが優先されるかはディストリビューション依存？らしい。
僕は/etc/sysconfig/tomcat6だった。
あとは再起動。
$ sudo /sbin/service tomcat6 restart
